Die Freedom Fighters sind nicht mehr. Dr. Eggman terrorisiert weiterhin ungehindert Mobius und dessen Bewohner, während König Naugus mit schrecklicher Hand regiert. Aber Sonic lässt sich von all dem nicht entmutigen. Eine neue Ära bricht an, als zwei neue Teams aus all dem Chaos hervorbrechen, um die Welt zu retten. Die Zukunft beginnt ...